Die Stiftung Protestantisches Kollegium von St. Anna wurde 1581 gegründet. Ihre Stifter wollten die gesellschaftliche Ver-antwortung für die Erziehung junger Menschen wahrnehmen und haben deshalb laut Stiftungsurkunde ”in gutherziger Wohlmeinung... ein Almosen zusammengetragen und sind noch ferner zu sammeln gesinnet...” Gründer waren der Patrizier, Theologe und Bürger-meister der Stadt Johann Baptist Hainzel, außerdem die Stifter Martin Zobel und Dr. Georg Müller, Superintendent und Theologie-professor. Ihr Anliegen war es, begabten Schülern aus armen Verhältnissen den Besuch des Gymnasiums bei St.Anna zu ermöglichen.

Die Stiftung bürgerlichen Rechts wird durch eine Admini-stration und deren Vorstand vertreten. Die Mitglieder der Administration sind Geistliche, welche die Evangelisch-Lutherische Kirche in Bayern und das Dekanat Augsburg repräsentieren, engagierte Augsburger Bürger, entsprechend der historisch gewachsenen Verbindung zur Stadt, sowie Vertreter der Schulen, mit denen das Annakolleg traditionell und aktuell in enger Kooperation steht.

Die Stiftung ist ihrem ursprünglichen Auftrag bis heute treu geblie-ben: sozialen und pädagogischen Motiven gleichermaßen verbunden, trägt sie seit über 400 Jahren unsere Einrichtung : Das Annakolleg.

Das Annakolleg ist in der Evangelischen Schulstiftung in Bayern organisiert, außerdem Mitglied der Evangelischen Internate Deutschlands und im Evangelischen Erziehungsverband Bayern. Dachverband ist das Diakonische Werk Bayern.